荧光RT—PCR检测中强毒力新城疫病毒方法的敏感性和特异性

用建立的荧光RT-PCR检测中强毒力新城疫病毒方法检测10株不同稀释度的中强毒力新城疫病毒株感染尿囊液,并同时与鸡胚病毒分离比较表明,荧光RT-PCR检测鸡胚感染尿囊液的最高稀释度为10-7,最低为10-5,略低于鸡胚病毒分离.对23株不同毒力的新城疫病毒用荧光RT-PCR进行了测定看出,本课题建立的荧光RT-PCR可以区分中强毒力新城疫病毒和疫苗弱毒.用建立的荧光RT-PCR检测中强毒力新城疫病毒株方法检测常见的禽类病毒,未发现交叉反应.     

弓形虫半巢式PCR检测方法的建立

根据GenBank上公布的弓形虫RH株的P30基因（X14080）设计了3条特异性引物P1、P2和P3,建立了半巢式PCR检测体系,并将P1和P3的扩增产物克隆到pUCm-T载体上进行测序。结果表明,该体系能够扩增出约250bp的片段,P1和P3能扩增出约500bp的片段,克隆到pUCm-T载体上的504bp片段与P30基因（X14080）的序列同源性为99.8%。该PCR检测体系的特异性强,不能在健康猪血液、猪链球菌、多杀性巴氏杆菌、胸膜肺炎放线杆菌和猪圆环病毒DNA上扩增出条带;敏感性高,最低检测的DNA含量为18fg。     

蛙病毒属PCR检测方法的建立及其在甲鱼“红脖子“病病原鉴定中的应用

在GenBank中搜寻EHNV相关序列并进行多重比较后,利用其中的保守序列设计引物,建立了聚合酶链式反应(PCR)的检测方法,扩增蛙病毒属主衣壳蛋白(MCP)410 bp的DNA片段.用该方法从患“红脖子“的甲鱼中分离的病毒毒株(9701株)中扩增出特异性的片段.对扩增产物进行基因克隆、序列测定和序列分析,结果表明该片段和蛙病毒属其他病毒MCP的编码基因同源性都在96%以上,和牛蛙虹彩病毒的基因序列相似性为100%,因此初步判定9701株属于蛙病毒属.     

蛙病毒属PCR检测方法的建立及其在甲鱼“红脖子”病病原鉴定中的应用

在GenBank中搜寻EHNV相关序列并进行多重比较后,利用其中的保守序列设计引物,建立了聚合酶链式反应(PCR)的检测方法,扩增蛙病毒属主衣壳蛋白(MCP)410 bp的DNA片段.用该方法从患"红脖子"的甲鱼中分离的病毒毒株(9701株)中扩增出特异性的片段.对扩增产物进行基因克隆、序列测定和序列分析,结果表明该片段和蛙病毒属其他病毒MCP的编码基因同源性都在96%以上,和牛蛙虹彩病毒的基因序列相似性为100%,因此初步判定9701株属于蛙病毒属.     

多重PCR检测食品中霍乱弧菌和副溶血性弧菌的研究

建立快速检测食品中霍乱弧菌和副溶血性弧菌的多重PCR(MPCR)方法.针对古典型霍乱弧菌(CVC)和埃尔托型霍乱弧菌(EVC)的共有序列霍乱肠毒素基因(ctxB)、CVC的毒力协调A亚单位基因(C-tcpA)、EVC的毒力协调A亚单位基因(E-tcpA)、副溶血性弧菌的热稳定性直接溶血素基因(tdh)为靶序列设计引物,建立多重PCR检测方法,相应扩增片段依次为564bp、617bp、471bp和202bp.用该方法检测EVC、CVC、副溶血性弧菌、非O1群霍乱弧菌、沙门氏菌等35株菌株表现出极好的特异性,对人工污染的罗非鱼、小虾、牡蛎、鱼鳃和鱼肠混合物的检出限EVC为2.2 cfu/mL、CVC为2.8 cfu/mL、副溶血性弧菌为6.5 cfu/mL,扩增片段表现出极好的特异性,整个实验过程8～10h完成.实验结果表明该方法是特异性强、省时、省力的检测方法.     

猪圆环病毒多重PCR检测方法的建立

设计合成2对PCV型特异性引物,其中C1、C2扩增PCV1和PCV2共有的938bp特异性片段,C3、C4只扩增PCV2特异性的490bp片段.在对该多重PCR的反应条件进行优化后,建立了猪圆环病毒多重PCR诊断方法,既可对PCV进行定性检测,又可对PCV1和PCV2进行定型,便于口岸检疫和养殖场的临床诊断.     

鹅细小病毒延边株VP3基因原核表达质粒构建

本试验根据GenBank已公布的鹅细小病毒B株基因序列,设计了一对扩增VP3基因的特异性引物,对鹅细小病毒延边分离株基因组DNA进行了PCR扩增,得到了约为1500bp的VP3基因片段,将其回收纯化后与pMD-18T simple载体连接,然后进行克隆,经双酶切分析、PCR鉴定及测序,验证了所克隆的基因是鹅细小病毒VP3基因.用EcoR Ⅰ和Xho Ⅰ双酶切该片段并回收该片段,将此基因片段克隆至相同酶切回收后的PGEM-4T-1原核表达载体中,获得重组质粒PGEM-VP3,经PCR鉴定,限制性内切酶双酶切分析,证实了重组质拉的正确性.     

应用RT—PCR检测灭活疫苗中口蹄疫病毒（核酸）

应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测口蹄疫灭活疫苗中的病毒RNA.设计相应于病毒基因组VP1序列保守区段20mer长度的引物.分离出灭活疫苗水相,萃取总RNA,反转录合成cDNA,进行PCR扩增和电泳检测扩增产物,本引物对扩增片段长度483bp,并设计一个Marker作为对照.     

食品中单增李斯特氏菌PCR检测方法所用引物的特异性比较

[目的]对食品中单增李斯特氏菌PCR检测方法目前常用的引物进行特异性比较.[方法]用36株单增李斯特氏菌、非单增李斯特氏菌以及其他菌属的细菌,将我室的2对引物与其他作者设计的5对引物进行特异性比较.[结果]我室采用的引物FM1/FM2只对单增李斯特氏菌扩增出特异性片段,引物LI1/U1只对所有李斯特氏菌属的细菌扩增出特异性片段.其他引物除了对单增李斯特氏菌扩增出特异性片段外,对其他细菌也会扩增出与特异性片段大小一致的片段.[结论]单增李斯特氏菌的特异引物FM1/FM2与李斯特氏菌属的特异引物U1/LI1组合应用,可以成为检测单增李斯特氏菌的最佳方法.     

检测禽流感病毒H5、H7和H9亚型的正向基因芯片的制备

通过分析比较禽流感病毒H5、H7和H9亚型不同毒株的基因组序列,设计出H5、H7和H9亚型特异性引物与探针,将扩增产物点制在芯片上,分别用H5、H7和H9亚型特异性探针与芯片杂交,研制出用于禽流感病毒H5、H7和H9亚型检测的正向杂交基因芯片,同时对正向基因芯片进行特异性、敏感性试验,并用该方法对待检样品进行了检测。结果表明,禽流感病毒正向基因芯片与新城疫病毒、传支病毒等6种禽类常见病毒无反应,其敏感性高于常规PCR方法。     

H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因克隆及分子进化分析

用RT-PCR方法,以1株H2N2亚型禽流感病毒分离株RNA为模板,扩增了HA全基因cDNA.将HAcDNA克隆于pMD18-T载体,并对其进行了测序.测序结果表明所克隆的1685bp核苷酸片段包含了全部HA基因阅读框架和上下游引物,编码区为1683个核苷酸,编码560个氨基酸.将其序列与其他8株H9N2亚型禽流感病毒HA基因及推导的氨基酸序列进行比较,其核苷酸同源性在85.3%～98.6%之间,氨基酸同源性在88.8%～98.9%之间,HA基因裂解位点氨基酸序列没有连续碱性氨基酸插入.本研究结果为国内基因工程疫苗等研究奠定了基础,同时通过分子进化分析揭示了各毒株间的亲源关系.     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测猪繁殖与呼吸综合征病毒

根据GenBank发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）M基因核苷酸序列设计一对特异性引物,扩增位置在M基因的14744～14846位,片段长度为103bp。提取PRRS RNA,并反转录成cDNA,以此cDNA为模板建立了SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测PRRSV的方法。并用该方法检测送检的临床疑似病料,结果表明,本研究建立的PRRSV-SYBR Green I PCR特异性强,操作简单,耗时短,只需3h即可完成整个实验过程,可初步用于临床检测。     

海洋放线菌细胞色素P450基因的克隆和分析

本文研究克隆海洋放线菌Salinispora arenicola细胞色素P450基因,以期为后续研究奠定基础。根据已发表的细胞色素P450基因设计两对特异性引物,采用PCR方法扩增细胞色素P450基因片段,使用分子生物学软件进行序列分析,通过实验获得了海洋放线菌Salinispora arenicola细胞色素P450基因片段,为研究该基因的功能奠定了基础。     

出入境人群艾滋病病毒env基因部分序列特征和亚型研究

[目的] 对出入境人员中的HIV感染者进行病毒基因型测定,监测国内外流行的HIV毒株的状况及其变化.[方法] 用RT-PCR或直接巢式PCR方法扩增HIV env基因C2-V3区及其邻近的基因片段,然后直接进行核苷酸序列测定,与国际标准亚型序列比较确定基因型并进行系统进化分析.[结果] 2003年确认的19例HIV阳性样品中有15例扩增出目的基因片段并进行了序列测定, 确定为B亚型4例、B'亚型2例、D亚型2例、CRF01-AE重组亚型1例、CRF02-AG重组亚型6例.这些不同亚型的HIV-1感染者来自包括中国在内的6个国家.HIV-1基因型的分布与我国国内有很大不同.[结论] 出入境人群中HIV-1基因种类多且复杂,监测出入境人群HIV基因型及其变化对于发现和鉴定新型变异毒株十分重要.     

检测猪传染性胃肠炎病毒RT—PCR方法的建立

[目的]建立对猪传染性胃肠炎病毒的RT-PCR检测方法,为该病的诊断和流行病学调查提供可靠的和敏感的手段.[方法]根据Genbank收录的TGEV-Miller毒株S蛋白的基因序列,设计合成一对引物,在优化RT-PCR反应条件的基础上,建立了检测TGEV的RT-PCR方法.[结果]两条引物扩增目的片段长度为1262bp.经测序分析,与Miller毒株的同源性为99.1%.[结论]该RT-PCR方法灵敏,可靠,具有很强的临床检测意义,可用于TGEV的快速诊断和流行病学调查.     

牛传染性鼻气管炎PCR检测方法的建立

[目的]建立牛传染性鼻气管炎的PCR检测方法.[方法]根据牛传染性鼻气管炎病毒的gB基因序列设计一对引物,进行PCR检测,并对反应条件及反应体系进行优化.[结果]得到与预期大小(362bp)一致的特异性片段.最佳退火温度为58～64℃,Mg2+最佳浓度为1.6mM,dNTPs为0.36mM,引物为0.2 pmol/μL,聚合酶0.8U/100μL.用这对引物扩增IBRV、HCV、PRRSV、PRV,只有IBRV扩增出特异性条带.[结论]该PCR方法的检测灵敏度为2.4ng/100μL,较其他方法敏感.     

用RT-PCR快速检测Taura综合症病毒

用RT-PCR快速检测南美白对虾中的Taura综合症病毒.引物TSVF和TSVR用于扩增病毒核酸中的231bp的片段.该方法能可靠地检测到患病的南美白对虾体内的Taura综合症病毒.     

产志贺毒素大肠杆菌的分子生物学检测方法研究

[目的]建立快速准确检测食品中产志贺毒素大肠杆菌的分子生物学方法.[方法]针对产志贺毒素大肠杆菌(STEC)的stx1、stx2、eaeA、hlyA 4种毒力基因,设计了4对特异性引物.[结果]采用多重PCR(multiplexPCR)方法,得到614bp、779bp、450bp和300bp 4条片断.[结论]实验结果表明,本文建立的mPCR方法较常规的大肠杆菌检测方法简便、快速、灵敏度高,灵敏度可达15cfu/mL.     

利用RT-PCR和Dig-cDNA探针检测百合无症病毒

根据百合无症病毒(LSV)的核苷酸序列设计一对特异性引物,利用RT-PCR技术扩增得到了一条与目的片段大小一致的条带;进一步克隆测序表明,该序列与已知的LSV序列有96%的同源性.用随机引物法合成地高辛标记的cDNA探针,建立了核酸斑点杂交检测体系.本研究分别建立了用于LSV的特异性的高灵敏度RT-PCR检测体系(其检测灵敏度为1.4ng/叶片)和适合大通量检测的Dig-cDNA(地高辛标记)核酸斑点杂交检测体系(其检测灵敏度为20μg/叶片).