基因芯片技术快速检测SARS病毒

以SARS冠状病毒TOR2株序列为设计标准,研制出用于检测SARS病毒的全基因芯片,芯片探针长度为70nt,相邻探针序列重复25nt,共660条病毒探针,覆盖了SARS冠状病毒的全部序列,另外设计了内对照探针和阴性对照探针.应用该基因芯片对病人、出入境食品、动植物及其产品进行检测,结果表明基因芯片技术检测SARS冠状病毒灵敏度高、特异性强、准确性好,稳定快速,在检验检疫中应用是可行的.     

基因芯片技术快速检测SARS病毒

本研究以SARS冠状病毒TOR2株序列为设计标准,研制出用于检测SARS病毒的全基因芯片,芯片探针长度为70nt,相邻探针序列重复25nt,共660条病毒探针,覆盖了SARS冠状病毒的全部序列,另外设计了内对照探针和阴性对照探针.应用该基因芯片对病人、出入境食品、动植物及其产品进行检测,结果表明基因芯片技术检测SARS冠状病毒灵敏度高、特异性强、准确性好,稳定快速,在检验检疫中应用是可行的.     

五种马病毒基因芯片检测方法的建立

[目的]既保护我国畜牧业的安全,又在检验检疫口岸实现马匹的快速通关,探索建立马病毒基因芯片检测方法。[方法]采用人工拼接的方式拼接了非洲马瘟病毒核酸序列、通过分子克隆技术获得西尼罗热、马冠状病毒、马鼻肺炎病毒和马动脉炎病毒的特异基因片段,设计合成五种马病病毒高度保守的特异性核酸序列作为检测探针点制于芯片上,再用多重不对称PCR以拼接、克隆的核酸序列为模板扩增目的片段,与芯片上探针特异结合。[结果]建立了五种病毒的基因芯片快速检测方法,实现了五种马病同时检测。[结论]本研究建立的芯片快速高通量基因芯片检测方法可应用于大规模出入境马属动物的快速筛查。     

十二种食源性致病菌可见光基因芯片检测方法的建立

[目的]利用可见光基因芯片技术,针对12种常见食源性致病菌,建立快速、准确、高通量的诊断方法。[方法]设计靶细菌16S rDNA和23S rDNA的通用引物,反向引物5’端标记生物素;特异寡核苷酸探针设计在两对引物之间的可变区,5’端标记氨基基团。将探针点样于固相载体制备基因芯片,优化PCR反应体系后,PCR产物与芯片点制探针区域进行杂交,然后通过化学显色直接观察结果,并评价反应体系的特异性、灵敏度、重复性等指标。收集临床样本28例,同时制备双盲模拟污染样本10例,对检测方法进一步评价。[结果]：本试验所建立的基因芯片方法可同时检测志贺菌、耶尔森氏菌、沙门菌、腊样芽孢杆菌、空肠弯曲菌、金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌、副溶血性弧菌、单增李氏菌、布鲁氏菌、变形杆菌、肠出血性大肠杆菌O157：H7等12种食源性致病菌,特异性高,操作简便;针对纯培养食源性致病菌反应体系的灵敏度为10^3cfu/mL,模拟样本的灵敏度为10^4cfu/mL;重复性好;采用可见光基因芯片方法检测28例临床样本,26例与常规培养方法结果完全一致,符合率达到92.9%;双盲模拟样本的检测符合率达到100%。     

GICA检测高致病性禽流感抗体方法的建立

[目的] 建立可快速、简便地检测微量禽流感的抗体的方法.[方法] 利用灭活的高致病性禽流感病毒H5N1建立禽流感病毒浓缩纯化样品体系,获得大量纯度较高的禽流感病毒(1512).将2.80mg/mL纯化病毒与一定大小的胶体金颗粒偶联,吸附在玻璃纤维上,制作的高致病性禽流感病毒抗体胶体金检测试纸条,用于高致病性禽流感定量(合格)检测.[结果] 显色反应良好,条带稳定,检测获得成功.[结论] 其反应特异性、敏感性、重复性良好,具备微量、快速、简便的特点,适合于进出境现场检疫和疫情普查.     

荧光RT—PCR检测活禽和禽组织中禽流感病毒的研究

本研究根据A型流感病毒的核酸保守区共有序列,开发、设计多条引物和探针序列,从中筛选敏感、特异的引物、探针,在循环参数、病毒核酸提取方法及逆转录条件优化的基础上,建立了快速的通用型"一步法"检测活禽或禽产品中所有A型禽流感病毒的荧光RT-PCR检测技术.该方法敏感性高、特异性强,与国际标准方法--世界动物卫生组织(OIE)确定的鸡胚病毒分离相比,敏感性基本一致,可直接用来检测咽喉/泄殖腔拭子和禽肉中的禽流感病毒,将检测时间从原来最短所需要的21d缩短为4h.     

7种甲型H1N1流感病毒核酸检测方法的比较和验证

[目的]比较和验证7种甲型H1N1流感病毒核酸检测方法,筛选出可用于实验室日常检测的方法,并证实实验室具有正确操作这些方法的能力。[方法]应用7种方法检测甲型H1N1流感病毒核酸,包括5种SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR法和2种Taqman探针荧光RT-PCR法的商业试剂盒,用于方法比较和验证的参考样品包括猪流感H1N1病毒核酸、2009年新甲型H1N1流感病毒核酸、能力验证样品等不同来源的核酸。[结果]2种预期用于猪流感H1N1病毒核酸检测的SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR法均能达到预期目的;3种预期用于2009年新甲型H1N1流感病毒核酸检测的SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR法均无法区分2009年新甲型H1N1流感病毒核酸和猪流感H1N1病毒核酸;2种Taqman探针荧光RT-PCR试剂盒均能正确检出2009年新甲型H1N1流感病毒核酸,但只有1种可检出能力验证阳性样品。[结论]5种SYBRGreen Ⅰ荧光RT-PCR法中有2种能用于猪流感H1N1病毒核酸的检测,另外3种不能用于新甲型H1N1流感病毒核酸的检测;2种Taqman探针荧光RT-PCR法的商业试剂盒能用于2009年新甲型H1N1流感病毒核酸的检测。     

H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因克隆及分子进化分析

用RT-PCR方法,以1株H2N2亚型禽流感病毒分离株RNA为模板,扩增了HA全基因cDNA.将HAcDNA克隆于pMD18-T载体,并对其进行了测序.测序结果表明所克隆的1685bp核苷酸片段包含了全部HA基因阅读框架和上下游引物,编码区为1683个核苷酸,编码560个氨基酸.将其序列与其他8株H9N2亚型禽流感病毒HA基因及推导的氨基酸序列进行比较,其核苷酸同源性在85.3%～98.6%之间,氨基酸同源性在88.8%～98.9%之间,HA基因裂解位点氨基酸序列没有连续碱性氨基酸插入.本研究结果为国内基因工程疫苗等研究奠定了基础,同时通过分子进化分析揭示了各毒株间的亲源关系.     

禽流感病毒对人的感染

禽流感不仅给发生疫情各国的畜牧养殖业和经济造成巨大的影响,同时也严重危及人类的生命和健康,据不完全统计其死亡率高达80%,远远高于“非典”患者的死亡率(9%左右)。近期柬埔寨又暴发了禽流感疫情,14人感染,其中1人已经死亡。尽管我国还不存在人感染禽流感的情况,但也警示我们一定要重视禽流感的防治,尤其是加强对人员安全的防护。禽流感病毒属于正粘病毒科甲型流感病毒中的H5N1亚型病毒。1997年香港暴发的禽流感与近期越南等国家和地区发生的禽流感,其病原体都相同。该病毒的抗原结构分为H和N两大类,H代表血细胞凝集素,其作用是打开并…     

三重实时荧光RT-PCR检测三种鱼类弹状病毒的研究

鱼传染性造血器官坏死病病毒（Infectious hematopoietic necrosis virus IHNV）、鱼病毒性出血性败血症病毒（Viral hemorrhagic septicemia virus VHSV）和鲤春病毒血症病毒（Spring viraemia of carp virus SVCV）是同属弹状病毒科（Rhabdoviridae）的3种鱼类病毒,也是影响水产养殖业的3种重要病毒。通过对这3种病毒基因序列的分析,在病毒基因的高保守区域,设计了3条分别针对这3种病毒的Taqman MGB探针,并选择3种无相互干扰的荧光基团进行标记。以此为基础建立针对该3种病毒的三重实时荧光RT-PCR的检测方法。通过反应条件的优化,该三重实时荧光RT-PCR最低可检测至102拷贝/反应的病毒量。同时,该方法还对病毒混合感染EPC细胞（Epithelioma papulosum cyprini）和攻毒斑马鱼进行了检测。实验结果表明,该方法是一种特异、灵敏、高效的病毒检测方法。     

弗尼斯弧菌PCR检测方法的建立及应用

目的:弗尼斯弧菌(Vibrio fumissii)是引起世界范围内胃肠功能紊乱的致病菌之一,一般通过摄人生的或者未煮熟的水产品进行传播。本研究旨在建立高效、可靠的PCR检测方法应用于食品中弗尼斯弧菌的快速检测。方法和结果:根据弗尼斯弧菌的toxS基因分别设计普通PCR引物及实时PCR引物、探针,建立普通PCR和实时荧光PCR方法,分别对两种方法的特异性和灵敏度进行比较分析,同时应用于384份食品样品检测。结果表明,建立的普通PCR和实时荧光PCR方法特异性良好,检测灵敏度分别为:2.4×10^3 CFU/ml和24 CFU/ml,并于5 h内完成整个检测过程,同时对384份食品进行检测,共检出6株阳性菌株。结论:本研究建立的PCR检测技术灵敏度高、特异性好,可应用于食品中弗尼斯弧菌的快速检测。     

SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR鉴定简单异尖线虫方法的建立

根据GenBank发表的简单异尖线虫保守的ITS-2基因序列设计一对引物,用以扩增简单异尖线虫114 bp基因片段。用简单异尖线虫的重组质粒（AS-ITS-pGM）为模板建立SYBR Green I荧光定量PCR检测简单异尖线虫的方法,并用该方法对经PCR-RFLP鉴定为简单异尖线虫的样品进行鉴定。结果表明,本研究建立的简单异尖线虫SYBR Green I荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高,稳定性好,可用于简单异尖线虫的鉴定。     

香石竹斑驳病毒属和潜隐病毒属的PCR检测方法研究

根据香石竹斑驳病毒属和香石竹潜隐病毒属主要确定种的外壳蛋白（Coat protein,CP）氨基酸的保守序列分别设计出它们的简并引物,然后对8个香石竹斑驳病毒属的病毒和9个香石竹潜隐病毒属的病毒进行PCR检测验证,结果与预期值相符。     

基于过采样的混合滤波器组性能优化

模拟误差是制约混合滤波器组信号重构精度的主要原因,如何降低由模拟误差导致 的分解滤波器组系数误差成为了首要问题。引入过采样技术,研究在不同过采样率下8通道 混合滤波器组的性能,寻找到过采样率最优值约等于7%。在不同模拟误差下对基于过采样的 混合滤波器组的性能进行仿真,结果表明,原型结构和双阶型结构的混叠值相近,但后者对 模拟误差的敏感度比前者大。信号重构阶段,在最小二乘法的基础上采用频带加权法进行误 差校准。在1%模拟误差内,采用7%过采样率的原型混合滤波器组相比无过采样,平均混叠值 下降了约50 dB,最大混叠值下降了约94 dB。仿真验证了引入过采样的有效性。     

抗病毒转基因番木瓜的实时PCR检测

番木瓜是世界上第一种大规模种植的转基因水果,多个国家和地区开展了转基因番木瓜的研究和田间试验。针对市场上可能遇到的转基因番木瓜种类,本文分析了这些转基因木瓜的外源基因结构,在外源基因的NOS启动子与植物基因组之间的侧翼序列中设计了3类转基因木瓜的4个品系（Event）的特异性实时PCR的引物/探针,建立了4种抗病毒转基因番木瓜的品系特异性实时PCR检测方法,优化了番木瓜果肉和种籽的DNA纯化方法。实验表明这些品系检测方法的特异性和灵敏度符合出入境检验检疫的要求,应用这些方法从市售的番木瓜中检出了台湾中兴大学研发的两个转基因品系。     

快速检测西尼罗病毒胶体金免疫层析试纸条方法的建立

[目的]建立一种能快速区分、简便诊断西尼罗病毒感染的胶体金免疫层析试纸条方法。[方法]采用柠檬酸三钠还原法制备胶体金颗粒,标记西尼罗病毒NS1蛋白,采用双抗原夹心法制备胶体金免疫层析试纸条,对试纸条进行特异性和敏感性评价。[结果]该试纸条可在15min之内完成检测;在敏感性上,该试纸条对阳性血清的检测较美国Focus公司商品化的ELISA试剂盒检测低1个滴度;对89份阴性血清进行检测,试纸条检出9份阳性,ELISA试剂盒检出3份阳性,两种检测的符合率为86.52%,特异性为89.89%。[结论]初步建立了一种可以用于现场快速检测西尼罗病毒的胶体金免疫层析方法,为进一步大规模应用奠定了基础。