不同登记单元的房屋为同一债权担保,如何进行登记

某市登记机构询问,有一企业向银行贷款,以该企业在同一地点的5幢房屋作抵押。在办理抵押登记时,我们认为：现在登记要按基本单元进行,5幢房屋就要分作5个基本单元,因此,应把主债权合同和抵押合同分为5起分别申请。但是该单位认为他们只有一个贷款合同,一个抵押合同,为什么要分为5起来申请？因此有了异议。这类问题如何处理？