点带石斑鱼神经坏死病毒基因组分析

[目的]准确诊断发生在福建南部点带石斑鱼育苗场的鱼病.[方法]根据基因库中已报告的石斑鱼NNV核苷酸序列,设计了8对特异性引物,用于扩增点带石斑鱼NNV的RNA1和RNA2特定片段.PCR扩增产物经琼脂糖电泳确认后进行核酸测序,用相应软件进行拼接,得到点带石斑鱼NNV基因组全序列.用DNAstar软件对该序列进行分析,得到相应的氨基酸序列.[结果]该病毒的RNA1含有一个编码依赖RNA的RNA聚合酶(RNA-dependant RNA polymerase,RdRp)的开放阅读框(ORF)为2949nt,编码1个由982个氨基酸组成的蛋白质;RNA2的ORF为1017nt,编码1个由338个氨基酸组成的病毒主衣壳蛋白.将这些核苷酸序列以及推导的氨基酸序列与基因库中同属于罗达病毒科(Nodaviridae)的其他罗达病毒进行同源性比较,该病毒与其他已知的石斑鱼NNV的同源性高.系统发育进化分析也表明,点带石斑鱼NNV与其他石斑鱼NNV亲缘关系很近,同属于赤点石斑NNV血清群,与其他β罗达病毒有一定的距离,与α罗达病毒则有明显的不同.[结论]福建南部个别点带石斑鱼育苗场的石斑鱼感染了神经坏死病毒.     

H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因克隆及分子进化分析

用RT-PCR方法,以1株H2N2亚型禽流感病毒分离株RNA为模板,扩增了HA全基因cDNA.将HAcDNA克隆于pMD18-T载体,并对其进行了测序.测序结果表明所克隆的1685bp核苷酸片段包含了全部HA基因阅读框架和上下游引物,编码区为1683个核苷酸,编码560个氨基酸.将其序列与其他8株H9N2亚型禽流感病毒HA基因及推导的氨基酸序列进行比较,其核苷酸同源性在85.3%～98.6%之间,氨基酸同源性在88.8%～98.9%之间,HA基因裂解位点氨基酸序列没有连续碱性氨基酸插入.本研究结果为国内基因工程疫苗等研究奠定了基础,同时通过分子进化分析揭示了各毒株间的亲源关系.     

逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测石斑鱼神经坏死病毒方法的建立和应用

神经坏死病毒是导致石斑鱼等多种海水鱼类暴发性传染病的致病原.根据石斑鱼神经坏死病毒编码核衣壳蛋白的RNA2基因组序列设计的一对特异性引物,用来扩增其中的421bp病毒核酸片段.比较了酚-氯仿法、试剂盒法等3种RNA抽提的方法对神经坏死病毒的核酸抽提效果,结果表明3种方法均适合于RT-PCR方法.实验证明在cDNA过程中,RNA酶抑制剂并非反应所必需.对RT-PCR过程进行了条件优化,建立了一步法的RT-PCR检测方法,在网箱养殖石斑鱼以及育苗场的病鱼检测实践中获得满意效果.     

广西巴马小型猪白细胞介素-2基因cDNA的克隆和序列分析

[目的] 对地方猪种广西巴马小型猪淋巴细胞IL-2基因进行克隆和序列分析,为进一步研究猪IL-2基因的功能及其在免疫调节方面的应用奠定基础.[方法] 将猪外周淋巴细胞进行体外培养,在刀豆球蛋白A(conA)刺激培养15h后,提取培养淋巴细胞总RNA,应用RT-PCR技术扩增巴马小型猪淋巴细胞白细胞介素-2(IL-2)基因,并连接到PMD18-T载体上,进行测序.[结果] 扩增的cDNA全长513个碱基,包含465个碱基开放阅读框架,编码155个氨基酸,分子量为16.98KD.[结论] 此cDNA与人、牛、山羊、绵羊、狗和鼠的IL-2基因核苷酸比较,同源性分别为85.2%、85.3%、83.4%、86.0%、84.2%和69.5%,与其他猪种IL-2基因核苷酸比较同源性为100%.     

蛙病毒属PCR检测方法的建立及其在甲鱼“红脖子”病病原鉴定中的应用

在GenBank中搜寻EHNV相关序列并进行多重比较后,利用其中的保守序列设计引物,建立了聚合酶链式反应(PCR)的检测方法,扩增蛙病毒属主衣壳蛋白(MCP)410 bp的DNA片段.用该方法从患"红脖子"的甲鱼中分离的病毒毒株(9701株)中扩增出特异性的片段.对扩增产物进行基因克隆、序列测定和序列分析,结果表明该片段和蛙病毒属其他病毒MCP的编码基因同源性都在96%以上,和牛蛙虹彩病毒的基因序列相似性为100%,因此初步判定9701株属于蛙病毒属.     

蛙病毒属PCR检测方法的建立及其在甲鱼“红脖子“病病原鉴定中的应用

在GenBank中搜寻EHNV相关序列并进行多重比较后,利用其中的保守序列设计引物,建立了聚合酶链式反应(PCR)的检测方法,扩增蛙病毒属主衣壳蛋白(MCP)410 bp的DNA片段.用该方法从患“红脖子“的甲鱼中分离的病毒毒株(9701株)中扩增出特异性的片段.对扩增产物进行基因克隆、序列测定和序列分析,结果表明该片段和蛙病毒属其他病毒MCP的编码基因同源性都在96%以上,和牛蛙虹彩病毒的基因序列相似性为100%,因此初步判定9701株属于蛙病毒属.     

上海检验检疫局从泰国进境草虾中检出虾黄头病毒

[目的]准确检出进口虾体携带的虾黄头病毒,防止该病毒传入.[方法]OIE推荐的方法和SN/T1151.4-2003的方法.[结果]从泰国进境2批草虾中检出黄头病毒,并经基图片扩增和测序,其相应基图片的同源性为99%.[结论]从泰国进境的这两批草虾均感染有YHV.     

出入境人群艾滋病病毒env基因部分序列特征和亚型研究

[目的] 对出入境人员中的HIV感染者进行病毒基因型测定,监测国内外流行的HIV毒株的状况及其变化.[方法] 用RT-PCR或直接巢式PCR方法扩增HIV env基因C2-V3区及其邻近的基因片段,然后直接进行核苷酸序列测定,与国际标准亚型序列比较确定基因型并进行系统进化分析.[结果] 2003年确认的19例HIV阳性样品中有15例扩增出目的基因片段并进行了序列测定, 确定为B亚型4例、B'亚型2例、D亚型2例、CRF01-AE重组亚型1例、CRF02-AG重组亚型6例.这些不同亚型的HIV-1感染者来自包括中国在内的6个国家.HIV-1基因型的分布与我国国内有很大不同.[结论] 出入境人群中HIV-1基因种类多且复杂,监测出入境人群HIV基因型及其变化对于发现和鉴定新型变异毒株十分重要.     

检测猪传染性胃肠炎病毒RT—PCR方法的建立

[目的]建立对猪传染性胃肠炎病毒的RT-PCR检测方法,为该病的诊断和流行病学调查提供可靠的和敏感的手段.[方法]根据Genbank收录的TGEV-Miller毒株S蛋白的基因序列,设计合成一对引物,在优化RT-PCR反应条件的基础上,建立了检测TGEV的RT-PCR方法.[结果]两条引物扩增目的片段长度为1262bp.经测序分析,与Miller毒株的同源性为99.1%.[结论]该RT-PCR方法灵敏,可靠,具有很强的临床检测意义,可用于TGEV的快速诊断和流行病学调查.     

应用RT—PCR检测灭活疫苗中口蹄疫病毒（核酸）

应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测口蹄疫灭活疫苗中的病毒RNA.设计相应于病毒基因组VP1序列保守区段20mer长度的引物.分离出灭活疫苗水相,萃取总RNA,反转录合成cDNA,进行PCR扩增和电泳检测扩增产物,本引物对扩增片段长度483bp,并设计一个Marker作为对照.     

利用RT-PCR和Dig-cDNA探针检测百合无症病毒

根据百合无症病毒(LSV)的核苷酸序列设计一对特异性引物,利用RT-PCR技术扩增得到了一条与目的片段大小一致的条带;进一步克隆测序表明,该序列与已知的LSV序列有96%的同源性.用随机引物法合成地高辛标记的cDNA探针,建立了核酸斑点杂交检测体系.本研究分别建立了用于LSV的特异性的高灵敏度RT-PCR检测体系(其检测灵敏度为1.4ng/叶片)和适合大通量检测的Dig-cDNA(地高辛标记)核酸斑点杂交检测体系(其检测灵敏度为20μg/叶片).     

牛传染性鼻气管炎PCR检测方法的建立

[目的]建立牛传染性鼻气管炎的PCR检测方法.[方法]根据牛传染性鼻气管炎病毒的gB基因序列设计一对引物,进行PCR检测,并对反应条件及反应体系进行优化.[结果]得到与预期大小(362bp)一致的特异性片段.最佳退火温度为58～64℃,Mg2+最佳浓度为1.6mM,dNTPs为0.36mM,引物为0.2 pmol/μL,聚合酶0.8U/100μL.用这对引物扩增IBRV、HCV、PRRSV、PRV,只有IBRV扩增出特异性条带.[结论]该PCR方法的检测灵敏度为2.4ng/100μL,较其他方法敏感.     

食品中单增李斯特氏菌PCR检测方法所用引物的特异性比较

[目的]对食品中单增李斯特氏菌PCR检测方法目前常用的引物进行特异性比较.[方法]用36株单增李斯特氏菌、非单增李斯特氏菌以及其他菌属的细菌,将我室的2对引物与其他作者设计的5对引物进行特异性比较.[结果]我室采用的引物FM1/FM2只对单增李斯特氏菌扩增出特异性片段,引物LI1/U1只对所有李斯特氏菌属的细菌扩增出特异性片段.其他引物除了对单增李斯特氏菌扩增出特异性片段外,对其他细菌也会扩增出与特异性片段大小一致的片段.[结论]单增李斯特氏菌的特异引物FM1/FM2与李斯特氏菌属的特异引物U1/LI1组合应用,可以成为检测单增李斯特氏菌的最佳方法.     

实时RT-LAMP与实时荧光RT-PCR检测贝类中GII型诺如病毒的研究

[目的]建立、评价GII型诺如病毒的一步法实时RT-LAMP快速检测方法。[方法]选取GII型诺如病毒ORF1与ORF2接头处高度保守基因序列设计RT-LAMP引物,经条件优化,分析该方法的检测灵敏性和特异性,并与实时荧光RT-PCR进行比较。[结果]GII型诺如病毒RT-LAMP的最佳反应条件是65℃,内外引物浓度比达1：10。该方法同其余常见食源性病毒没有交叉反应。对RNA参照品其检测低限可达10个RNA拷贝/反应,同实时荧光RT-P C R的检测水平相当;在人工感染的牡蛎和缢蛏中,RT-LAMP较实时荧光RT-P C R的检测灵敏度略低10倍。[结论]本研究所建立的RT-LAMP方法为GII型诺如病毒提供了一种灵敏、快速且简便的检测方法。     

猪流行性腹泻病毒套式RT—PCR检测方法的建立及初步应用

[目的] 建立PEDV的新型套式RT-PCR检测方法,为该病的诊断和流行病学研究提供更为敏感和可靠的手段.[方法] 根据Genbank已发表的猪流行性腹泻病毒(PEDV)N蛋白的基因序列,设计合成两对引物,在优化RT-PCR反应条件的基础上,建立了检测PEDV的新型套式RT-PCR方法,并用该方法对PEDV进行了快速诊断和分析.[结果] 外引物扩增目的片段长度为1328bp,内引物扩增目的片段为540bp.[结论] 该套式RT-PCR方法比普通RT-PCR更加灵敏、可靠,可用于PEDV的快速诊断和流行病学调查.     

基因芯片技术快速检测SARS病毒

以SARS冠状病毒TOR2株序列为设计标准,研制出用于检测SARS病毒的全基因芯片,芯片探针长度为70nt,相邻探针序列重复25nt,共660条病毒探针,覆盖了SARS冠状病毒的全部序列,另外设计了内对照探针和阴性对照探针.应用该基因芯片对病人、出入境食品、动植物及其产品进行检测,结果表明基因芯片技术检测SARS冠状病毒灵敏度高、特异性强、准确性好,稳定快速,在检验检疫中应用是可行的.     

基因芯片技术快速检测SARS病毒

本研究以SARS冠状病毒TOR2株序列为设计标准,研制出用于检测SARS病毒的全基因芯片,芯片探针长度为70nt,相邻探针序列重复25nt,共660条病毒探针,覆盖了SARS冠状病毒的全部序列,另外设计了内对照探针和阴性对照探针.应用该基因芯片对病人、出入境食品、动植物及其产品进行检测,结果表明基因芯片技术检测SARS冠状病毒灵敏度高、特异性强、准确性好,稳定快速,在检验检疫中应用是可行的.     

五种马病毒基因芯片检测方法的建立

[目的]既保护我国畜牧业的安全,又在检验检疫口岸实现马匹的快速通关,探索建立马病毒基因芯片检测方法。[方法]采用人工拼接的方式拼接了非洲马瘟病毒核酸序列、通过分子克隆技术获得西尼罗热、马冠状病毒、马鼻肺炎病毒和马动脉炎病毒的特异基因片段,设计合成五种马病病毒高度保守的特异性核酸序列作为检测探针点制于芯片上,再用多重不对称PCR以拼接、克隆的核酸序列为模板扩增目的片段,与芯片上探针特异结合。[结果]建立了五种病毒的基因芯片快速检测方法,实现了五种马病同时检测。[结论]本研究建立的芯片快速高通量基因芯片检测方法可应用于大规模出入境马属动物的快速筛查。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测猪繁殖与呼吸综合征病毒

根据GenBank发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）M基因核苷酸序列设计一对特异性引物,扩增位置在M基因的14744～14846位,片段长度为103bp。提取PRRS RNA,并反转录成cDNA,以此cDNA为模板建立了SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测PRRSV的方法。并用该方法检测送检的临床疑似病料,结果表明,本研究建立的PRRSV-SYBR Green I PCR特异性强,操作简单,耗时短,只需3h即可完成整个实验过程,可初步用于临床检测。     

鸡新城疫病毒强弱毒株RT—PCR鉴别诊断方法

本研究通过对不同毒力的新城疫病毒(NDV)的融合蛋白基因(F基因)核苷酸序列分析,根据毒力和序列间的相关规律,分别设计出3对引物P1+P2,P1+P3,P1+P4,建立了一种可以迅速鉴定新城疫病毒并且同时鉴别毒株毒力强弱的RT-PCR方法.引物P1+P2能特异性地对所有新城疫病毒可扩增出一条362bp的片段,引物P1+P3能特异性地针对所有新城疫强毒株扩增出一条254bp的片段,引物P1+P4能特异性地针对所有新城疫弱毒株扩增出一条254bp的片段,整个试验过程可在6小时内完成.对实验室分离的4株病毒进行检测,结果同常规检测方法的结果一致.