发生多次权利变动的房屋如何进行登记

1999年3月，甲单位有房屋（已办理了房屋所有权证）被法院判决予乙银行，乙银行一直未办理房屋过户手续。同年11月，乙银行将该房屋转让予丙单位，双方又未办理房屋过户登记手续。丙单位在2000年拆除了其中的二幢房屋进行了新建，剩余的几幢房屋进行了改扩建。2001年甲单位经法院宣告破产，2005年乙银行进行了股份制企业改制，改制为丁银行。现在丙单位已经办好了土地使用权证，2008年丙单位前来申请房屋登记。