村委会不能占有村民小组的征地补偿费

我在县国土资源局工作,有群众来找我,反映两年前,他所在的乡政府征用了他们村2个村民小组的土地共计30余亩,将其出让给某公司,用于建设厂房,征地补偿费当时支付到位。由于该公司经营有方,效益较好,去年应这2个村民小组要求,该公司愿意一次性支付50万元征地补差款。但是,由于该公司认为村民小组不是法人组织,坚持与村委会签订付款协议,并由乡政府作证,故征地补差款多数被村委会占有,并未全部支付给被征地村民小组,由此导致村民与村干部出现了争议。