未备案的委托加工协议怎么处理

前不久，某县质量技术监督局对境内甲有证面粉公司（简称甲公司）进行巡查时，现场发现其正在使用标注乙有证面粉公司（简称乙公司）标识内容的面粉包装袋进行灌装封口，产品合格凭证上也是乙公司标识内容。成品库房中存放这类包装小麦粉成品24吨，乙公司面粉包装袋、质量合格证240套。甲公司法定代表人孙某提供了同乙公司法定代表人马某签订的委托加工书面协议。协议上称：乙公司委托甲公司使用乙公司的包装袋和产品合格凭证代为加工小麦粉，甲公司不负责对外销售。每吨小麦粉产品支付甲公司委托加工费用60元，加工数量为100吨。在两个月的时间内甲公司分四次为乙公司加工小麦粉产品70吨，这批30吨还未全部加工就被查获。后经查实，乙公司作为大型面粉生产企业，生产的小麦粉产品执行标准是经过备案的企业标准，灰分、面筋质两项质量指标要求均严于小麦粉国家标准特制一等级别中的要求，而甲公司历次抽检、企业自检的小麦粉产品质量均是符合小麦粉国家标准特制一等的质量指标，其明示的执行标准也是小麦粉国家标准特制一等。