融资租赁关系是否会影响不动产抵押权的设立

正甲建工公司与乙融资租赁公司签订《融资租赁合同》,约定甲建工公司将一套厂房所有权转让给乙融资租赁公司,并回租该厂房。合同签订后,乙融资租赁公司按约定向甲建工公司支付了购房款,但双方并未办理所有权转移登记,此时为了保障租金的收取,甲公司能否以作为租赁物的厂房作为担保,向乙公司进行抵押?