协议价格低于规定最低价，如何处理

正A市自然资源局与B公司签订《国有土地使用权出让合同》约定,A市自然资源局将面积为90亩的某地块出让给B公司,土地出让金按每亩10万元计算(在出让时点,该省发布实施的协议出让国有土地使用权最低价标准为15万元/亩),总金额为900万元。合同签订后,B公司依法办理了该地块的土地使用权登记。后审计中发现,按照最低出让价每亩15万元计算,除900万元已缴纳外,A市自然资源局少收土地出让金450万元。